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自然博物馆位于武夷山自然保护区三港,1987年由国家林业部和福建省林业厅共同投资兴建,建筑面积1673平方米。1990年2月,开始馆内的展出设计和施工,同年12月18日正式开馆展出,陈列展出面积1300平方米。
武夷山自然博物馆以“浓缩、再现武夷山自然保护区的自然面貌”为目标,以“森林生态系统”为轴线,采用卫星图象、浮雕、立体全景画等表现手法,分3个展厅展出。第一厅为自然环境厅,采用卫星图象、浮雕、彩色灯光照片、实物标本等与图表相结合,展示了武夷山保护区的历史演变和地质、地貌、水文、气象、植被等概况。第二厅为生态景观厅,采用全景画和立体表现手法,浓缩再现了武夷山保护区典型的中亚热带森林生态系统的生态景观,选择植物垂直带谱明显的武夷第一峰——黄岗山为模本,配以鸟声和虫鸣、蝉声等,表现武夷山保护区春、夏、秋、冬的不同景致,使人达到身临其境的感觉。第三厅为物种宝库厅,该厅打破以往动植物标本陈列的老套,配之以抽象的架板,突出动植物标本的数量、质量和姿态,以高质量的琥珀标本展示。
1994年7月,在保护区15周年区庆期间,又增设了一个成果厅,展示了武夷山保护区成立15年来所取得的成就。1998年12月,申报“世遗”整治工作期间,又增设植物厅,植物厅展示了武夷山保护区的珍稀植物种类。