王室礼拜堂埋葬着西班牙的英雄：天主教双王伊莎贝尔和费尔南多。在礼拜堂正中央的两座大理石台，就是这对传奇人物的陵寝。石棺上雕刻着王室的族徽、天使和狮子等图案，非常华丽。并排放置的另外一对则属于他们的女儿乔安娜公主和菲利普王。 其实真正的灵柩安放在地下室中，装饰很朴素。地下室中还有另外一座较小的灵柩，是伊莎贝尔女王的孙子，夭折的米盖尔王子。 在圣器收藏室中，可以欣赏伊莎贝尔女王捐赠的15世纪法兰德斯、意大利和西班牙的绘画作品。