雅典耀馬尼拉大學最早起源於1859年，是西班牙後代之主要學校，後又開放給當地的菲律賓人就讀。19世紀初，美國政權使得Ateneo帶來了一些改變。1921年，美國 紐約之耶穌教會取代了西班牙耶穌教會在Ateneo的主導權。1932年，校址遷移至Padre Faura Ermita。1952年，由於海外基金之援助，Ateneo遷移至現今的校園(Loyola Heights. Quezon City)。1959年，大學部獲得認可，而今包括友人文科學學院、商學研究所、法學院及其它商業大學科系。